Tytuł
Validating a Target‐Enrichment Design for Capturing Uniparental Haplotypes in Ancient Domesticated Animals
Autorzy
[ 1 ] Grupa IV Paleobotaniki i Paleośrodowiska, Instytut Botaniki im. W. Szafera Polskiej Akademii Nauk | [ P ] pracownik
Dyscyplina naukowa (Ustawa 2.0)
Rok publikacji
2025
Opublikowano w
Typ artykułu
artykuł naukowy
Język publikacji
angielski
Słowa kluczowe
Streszczenie
EN In the last three decades, DNA sequencing of ancient animal osteological assemblages has become an important tool complementing standard archaeozoological approaches to reconstruct the history of animal domestication. However, osteological assemblages of key archaeological contexts are not always available or do not necessarily preserve enough ancient DNA for a cost-effective genetic analysis. Here, we develop an in-solution target-enrichment approach, based on 80-mer species-specific RNA probes (ranging from 306 to 1686 per species) to characterise (in single experiments) the mitochondrial genetic variation from eight domesticated animal species of major economic interest: cattle, chickens, dogs, donkeys, goats, horses, pigs and sheep. We also illustrate how our design can be adapted to enrich DNA library content and map the Y-chromosomal diversity within Equus caballus. By applying our target-enrichment assay to an extensive panel of ancient osteological remains, farm soil, and cave sediments spanning the last 43 kyrs, we demonstrate that minimal sequencing efforts are necessary to exhaust the DNA library complexity and to characterise mitogenomes to an average depth-of-coverage of 19.4 to 2003.7-fold. Our assay further retrieved horse mitogenome and Y-chromosome data from Late Pleistocene coprolites, as well as bona fide mitochondrial sequences from species that were not part of the probe design, such as bison and cave hyena. Our methodology will prove especially useful to minimise costs related to the genetic analyses of maternal and paternal lineages of a wide range of domesticated and wild animal species, and for mapping their diversity changes over space and time, including from environmental samples.
Strony (od-do)
1 - 15
Typ licencji
CC BY-NC-ND (uznanie autorstwa - użycie niekomercyjne - bez utworów zależnych)
Tryb otwartego dostępu
inne
Wersja tekstu w otwartym dostępie
ostateczna wersja autorska
Data udostępnienia
09.04.2025
Czas udostępnienia publikacji w sposób otwarty
w momencie opublikowania
Punktacja Ministerstwa / czasopismo
140
Ten serwis działa dzięki oprogramowaniu SINUS
opracowanemu przez Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe
Zaloguj się przez eKonto, aby dodać do SIN